Có 2 nguyên nhân chủ yếu: xoài chưa đủ độ già và bảo quản ở nhiệt độ quá thấp (dưới 15 độ). Vì vậy ngoài vấn đề độ già đạt yêu cầu, cũng cần quan tâm đến vấn đề bảo quản, nhiệt độ càng thấp thì quá trình chín của quả xoài càng lâu. Ngoài ra nếu muốn quá trình chín diễn ra nhanh hơn có thể dùng phương pháp ủ kín tự nhiên bằng cách dùng giấy báo hoặc các loại giấy có khả năng hút ẩm và kín khí tốt bọc kín lại.

Xoài bị những phần thịt bên trong và có những đốm đen ngoài da là do nấm ký sinh phát triển gây hại quả xoài khi chín, bào tử nấm có thể tồn tại sẵn trên da quả xoài và sai sót trong quy trình xử lý không loại bỏ được hoàn toàn (khả năng này rất hiếm). Tuy nhiên khả năng lớn nhất là do môi trường xung quanh nơi lưu trữ quả xoài, có thể do quá ẩm thấp, không sạch sẽ, hoặc bị lây nhiễm từ các loại quả khác. Vì vậy, cần bảo quản quả xoài ở nơi thoáng mát, sạch sẽ và cách ly hẳn với những loại quả không qua quy trình diệt nấm bệnh khác.

Thông thường vào mùa mưa do nhiệt độ và độ ẩm khá nóng ẩm tạo điều kiện tốt cho các loại nấm bệnh, vi khuẩn, côn trùng phát triển mạnh. Tuy nhiên, vào mùa khô xoài vẫn có khả năng bị thối đầu, mặc dù khả năng nguyên nhân do nấm bệnh, vi khuẩn thấp nhưng khi quả xoài bị gãy phần cuống gần sát quả xoài dẫn đến chảy nhựa, nhựa xoài làm bỏng phần da ở phần đầu xung quanh cuống dẫn đến rối loạn trong quá trình chuyển chín và tạo điều kiện thuận lợi cho các loại vi khuẩn và nấm bệnh bên ngoài môi trường, không khí tấn công quả xoài.

Khi xoài bị chảy nhựa, nhựa xoài dính trên da xoài làm da xoài bị thâm nâu hoặc đen sẽ làm mất thẩm mỹ quả xoài, trường hợp nặng hơn có thể làm bỏng da xoài, từ đó quả xoài sẽ dễ bị các loại vi khuẩn, nấm bệnh tấn công làm hỏng quả xoài, đặc biệt là ở phần đầu xung quanh cuống dẫn đến thối đầu và nhũng thịt khi chín.